Mistérios de Lisboa mergulha-nos num turbilhão imparável de aventuras e desventuras, coincidências e revelações, sentimentos e paixões violentas, vinganças, amores desgraçados e ilegítimos numa atribulada viagem por Portugal, França, Itália e Brasil. Nesta Lisboa de intrigas e identidades ocultas encontramos uma série de figuras que dominam o destino de Pedro da Silva, órfão de um colégio interno: padre Dinis que de aristocrata e libertino se converte em justiceiro, uma condessa roída pelo ciúme e sedenta de vingança, um pirata sanguinário tornado próspero homem de negócios; que atravessam a história do séc. XIX e a procura de identidade do nosso personagem.