Baseado em factos históricos, o filme inspirou-se na expedição de conquistadores espanhóis enviados por Gonzalo Pizarro, governador de Quito, em busca de el Dorado, a lendária cidade de ouro, em 1541-1542. No filme, expedição dá-se em 1561 e é comandada por Dom Pedro de Urzúa e Lope de Aguirre. Tomando por Base a narrativa do diário do Frei Gaspar de Carvajal (que participou na expedição a El Dorado), na verdade o filme deixa de lado o aspecto histórico e concentra-se mais nas teses do costume do realizador Herzog, preocupado em mostrar os efeitos mentais e emocionais sofridos por homens em situações-limite, confrontados com a natureza primitiva e desconhecida.

Aguirre é a primeira colaboração da conturbada e bem sucedida parceria de 15 anos do actor Klaus Kinski com o realizador Hergoz. Filmado no Perú e no Rio Amazonas.