EUA, num futuro próximo. O senador Robert Kelly tenta implementar uma lei que impõe o registo de mutantes, alegando o perigo para a segurança da nação decorrente da sua clandestinidade. O Professor X/Charles Xavier mantém fé na humanidade e na resolução da questão. Xavier gere uma escola para jovens sobredotados, que é na verdade um local destinado a acolher e educar mutantes, ajudando-os a conhecer e melhorar as suas capacidades especiais. Entre os veteranos incluem-se Cyclops, cujos olhos emitem raios letais, Jean Grey, telecinética, e Storm, com poder sobre os elementos meteorológicos. Rogue, uma adolescente condenada a não tocar em nenhum ser vivo sem lhe absorver a energia vital e Wolverine, cujo corpo possui características auto-regenerativas, além de ter um esqueleto constituído por um metal supostamente indestrutível, vão aí ser acolhidos. No outro campo, Magneto não é tão optimista como o Professor X e decide combater por todos os meios a ameaça aos mutantes, com a ajuda de Toad, Sabretooth e Mystique.