Espanha, 1944. Oficialmente, a Guerra Civil já terminou há cinco anos, mas um pequeno grupo de rebeldes continua a lutar, invencível, no norte montanhoso de Navarra. Ofélia, uma sonhadora com 10 anos, muda-se para Navarra com a sua mãe, grávida e frágil para conhecer pessoalmente o seu novo padrasto, Capitão Vidal, um oficial fascista com ordens para eliminar os rebeldes do território remoto. Fascinada por contos de fadas, Ofélia descobre um grandioso labirinto a desmoronar-se atrás da fábrica onde se instalou o Capitão Vidal. No centro do labirinto ela conhece Pan, um velho brincalhão que diz saber a verdadeira identidade e o destino secreto de Ofélia. Ela é uma princesa, a filha desaparecida do Rei das Fadas. Pan oferece-lhe a oportunidade de voltar ao subterrâneo e governar o reino mágico do pai. Mas primeiro, ela deve executar três tarefas antes da lua cheia...