A história começa em Midgar, uma cidade onde se localizava a sede de uma enorme corporação de energia chamada Shinra. Ela era a única empresa que manipulava a energia chamada Lifestream. Porém, o que a Shinra não sabia (ou fingia não saber) era que o Lifestream não era uma fonte infinita de energia, mas sim a força vital do planeta. Aqueles que sabiam disso resolveram revoltar-se contra Shinra e formaram grupos revolucionários, um desses grupos era o AVALANCHE. O AVALANCHE decidiu explodir os reactores de Lifestream. Entre os membros dessa missão estavam Cloud Strife, mercenário e ex-membro do exército de elite da Shinra, e Barret Wallace, fundador do AVALANCHE. Além da SOLDIER, a Shinra também possuía os Turks, um grupo de espiões responsáveis por selecionar soldados para a SOLDIER e fazer o \\\"serviço sujo\\\" da Shinra. A Shinra procurava um lugar chamado \\\"Terra Prometida\\\", onde haveria uma quantidade infinita de Lifestream, para isso fazia pesquisas com os últimos remanecentes de um povo chamado Cetra, que, segundo eles, sabiam onde encontrar a Terra Prometida. A SOLDIER era uma elite de soldados que eram irradiados com energia intensa (Lifestream) e alguns recebiam células de JENOVA, que por um tempo acreditou-se que era uma Cetra.
Dois anos passaram, e a cidade de Midgar ficou em ruínas e a Shinra falida. Mas todos estão a tentar re-estabilizar-se. Também aparece uma doença chamada Geostigma, ainda sem cura. Com essa ameaça, Cloud é forçado a largar sua solidão.