Numa nação latino-americano à beira do conflito, devido a um movimento terrorista altamente organizado, Agustin Rejas (Javier Bardem), um polícia idealista, enfrenta o maior desafio da sua carreira: prender o misterioso chefe guerrilheiro Ezequiel.
Os cérebros por trás desta revolução sangrenta que ameaça o governo e o país são tão corruptos quanto os superiores de Rejas - uma ironia que o ultrapassa, pois abandonou a carreira de advogado para encontrar 'uma maneira mais nobre de defender a Lei'.
No meio do caos, Rejas apaixona-se por Yolanda (Laura Morante), a bonita professora de ballet de sua filha, e ambos são forçados a escolher entre o amor, o país e as suas próprias vidas...
Aclamado pela crítica internacional, Em Clandestinidade é a primeira realização do conceituado actor John Malkovich. Protagonizado por Javier Bardem - nomeado em 2000 para o Óscar de Melhor Actor Principal - e Laura Morante, este filme conta também com as participações de Alexandra Lencastre e Luís Miguel Cintra.