Donnie Darko é um jovem de 16 anos, inteligente e imaginativo, que sofre de algumas perturbações psicológicas. Apesar disso, ele vive tranquilamente com os pais e duas irmãs num típico bairro de classe média numa pequena cidade americana. O cenário descrito agudiza-se no entanto a partir de uma noite em que Donnie se salva miraculosamente de um invulgar acidente doméstico: da inexplicável queda de um motor de avião no seu quarto de dormir. É então que, em cumplicidade com uma estranha figura com perto de dois metros de altura e cara de coelho que só o próprio Donnie pode enxergar, o peculiar jovem vai aperceber-se que vive rodeado por um submundo repleto dos segredos mais terríveis. Correndo contra o tempo, dado que o mundo tem data marcada para terminar apenas alguns dias mais tarde, Donnie Darko sente-se como se portador de uma estranha missão. E vai actuar em conformidade. Enquanto isso, a narrativa embrenha-se igualmente numa clara crítica à hipocrisia latente no “american way of life”.