Na alvorada de um novo milénio, no berço da fé que é Jerusalém, um padre Jesuíta nomeado pelo Vaticano, Matt Gutierrez (António Banderas) e a arqueóloga israelita Sharon Golban (Olívia Williams), unem esforços para investigar uma descoberta arqueológica que ameaça destruir não só a frágil paz na região como também todas as fundações da religião ocidental. Sharon descobriu um esqueleto antigo nas traseiras de uma loja de Jerusalém. A coloração nos ossos das pernas e dos pulsos indica que a causa da morte foi o método usado pelos Romanos para lidar com os seus inimigos: A Crucificação. Uma moeda de ouro com a marca de Pôncio Pilatos, entre outros sinais, levam a arqueóloga a pensar que aquele poderá ser o corpo de Jesus Cristo... Agora, por entre as armadilhas colocadas no seu caminho, pelos interesses cruzados de clérigos, políticos e extremistas religiosos, este homem de fé e esta mulher de ciência vêem as suas crenças e identidades serem postas em causa, enquanto põem as suas vidas em risco para descobrir a verdade por detrás desta histórica descoberta.