Stars Wars II acontece 10 anos após a tentativa forçada de invasão do Planeta Naboo numa época em que a galáxia está significamente mudada, bem como Anakin Skywalker (Hayden Christensen), Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) e Padmé Amidala (Natalie Portman). Neste período de tempo, Anakin cresceu com os ensinamentos Jedi, tendo como professor, o antes aprendiz Obi-Wan. Anakin e Obi-Wan têm como missão proteger Padmé, agora Senadora, cuja a vida está ameaçada por facções separatistas da República. Enquanto estas facções se preparam para desencadear uma guerra civil intergalática, Anakin e Padmé, divididos entre a honra e um amor proibido, que aos poucos floresce, são obrigados a fazer escolhas que alterarão não só o seu próprio destino, bem como o destino da República.